A medida que el coronavirus se multiplica en las células que infecta, la maquinaria que copia su genoma comete errores. Esos errores generan cambios en su material genético que llamamos mutaciones. Si las mutaciones no comprometen las proteínas principales probablemente no afectarán la capacidad del virus de replicarse, transmitirse o causar enfermedad. Sin embargo, algunas mutaciones se traducen en cambios en proteínas que son fundamentales en estos procesos. La presión de selección favorecerá las mutaciones que brinden mayor capacidad de replicarse, transmitirse entre personas, producir cuadros más graves, evadir la respuesta inmune del huésped (tanto la generada por la infección como la adquirida por la vacunación) o eventualmente disminuir la eficacia de los métodos de diagnóstico, entre otras.

Se pueden rastrear mutaciones a medida que se transmiten a través de un linaje, que es una rama del árbol genealógico viral. Un grupo de coronavirus que comparten el mismo conjunto heredado de mutaciones que lo caracterizan se denomina variante. La aparición y trasmisión de las variantes de SARS-CoV2 se pueden vigilar en tiempo real y esto permite la caracterización de la situación epidemiológica a nivel local, regional y nacional.